Im Jahre 1467 wurden zwei Glocken angeschafft, von denen eine, die „Marien-Glocke“ (500 kg), noch erhalten ist. Sie ist übrigens die älteste im Kanton Eupen! Die zweite, die „Johannes-Glocke“ erlitt nach dem Kirchenbrand von 1950 einen Riss und musste 1953 eingeschmolzen werden.

Langsam vollzog sich die Loslösung Eynattens von Walhorn. Ab 1676 kann man Eynatten als selbständige Pfarrgemeinde betrachten. Ende des 17. Jhdts bzw. Anfang des 18. Jhdts befand sich die Kirche in einem sehr schlechten Zu-stand. Die Chronisten gebrauchten das Wort „baufällig“. 1707 wurde daher mit dem Bau eines neuen Gebäudes begonnen. Der bis heute erhaltene Turm wurde in den Jahren 1733 bis 1736 errichtet. Die beiden Glocken aus dem Jahre 1467 zogen in die neue Glockenstube um.

Das Kirchenschiff vergrößerte man im Jahr 1775 um zwei Seitenquerschiffkapellen. Im Turm befindet sich noch heute ein Stein mit der Jahreszahl 1681 und der Inschrift: „Mein Haus ist ein Bethaus“; wahrscheinlich ein Türstein einer Vorkirche oder Kapelle. Später (1923) wurde an der Nordwestseite des Turmes eine Kriegergedächtniskapelle angebaut.
Der Altar dieser Kapelle wurde dann nach dem Kirchenbrand an der Außenmauer der Ostseite des Chores wieder aufgebaut.

Kurz zurück zu den Glocken: Erwähnt ist noch in der Kirchenchronik eine „Johannes-Glocke“ aus dem Jahre 1755, die ebenfalls zersprang. 1909 wurden dann zwei weitere Glocken angeschafft, die in Westfalen gegossen wurden. Im ersten Weltkrieg (1917) wurden diese beiden dann be-schlagnahmt und mussten abgeliefert werden. Die Zeit eines Vierergeläutes war zu Ende.

Die Pfarrkirche hat viele Jahrzehnte, selbst die französischen Kriege und die beiden Weltkriege, mehr oder weniger gut überstanden. Dies änderte sich jäh in der Nacht zum 23. April 1950. Ein in der Sakristei entstandener Brand griff rapide um sich. Der Hochaltar wurde vernichtet. Die Glut des Feuers zog unter dem Gewölbe bis zur Orgel-bühne empor und das kostbare Instrument wurde ebenfalls vernichtet.

Doch das Leben ging weiter. Der Wiederaufbau und eine gleichzeitige Erweiterung der neuen Kirche (zwei Seitenschiffe) wurden geplant und in Angriff genommen. Geldspenden dazu, kamen aus verschiedenen Quellen. Am 19. September 1954 wurde zunächst eine neue Glocke, die „St. Josef-Glocke (275 kg) eingesetzt, die ein Ge-schenk des damaligen Bürgermeisters Joseph Breuer war. Am 31. Oktober 1954 war es dann soweit, das neuerstandene Gotteshaus konnte durch den damaligen Weihbischof Msgr. van Zuylen konsekriert werden.

Acht Jahre später, am 27.Mai 1962, gesellte sich eine weitere Glocke „St. Johannes der Täufer“ (425 kg) hinzu, gestiftet wurde sie von Frau Maria Géron. Die Spenden aus der Pfarre, die der damalige Pfarrer Josef Becker dafür zusammen-getragen hatte, wurden für ein elektrisches Läute-werk verwendet.

1951 wurde an der Lichtenbuscher Str. eine neue Ruhestätte für die Toten geschaffen. Der alte Friedhof aus dem Jahre 1619 wurde in den 80 er Jahren zu einer Grünanlage umgestaltet.

1976 konnte Eynatten auf 300 Jahre selbständige Pfarre zurückblicken. Bei dieser Feier entstand der Wunsch nach einer vierten Glocke. Die Befürworter setzten sich durch. Die Finanzierung wurde geregelt. Zivil- und Kirchengemeinde sowie viele Pfarrangehörige zeigten sich spen-denfreudig. Am 2. Februar 1977 wurde die Glocke in der deutschen Eifel (Brockscheid) gegossen. Am 8. Mai 1977 wurde sie geweiht und dann in den neuen Glockenstuhl, bestehend aus einer Stahlkonstruktion, des Turmes beför-dert. Die Glocke (900 kg schwer) bekam den Namen „Maria, Mutter der Kirche“. Seit dieser Zeit bis zum heutigen Tage verkündet ein Vierergeläut Freud und Leid der Pfarrgemeinde.

Zum Ende des Jahres 2000 wurde festgestellt, dass die Kirchenorgel mehrere beachtliche Schäden aufwies. Eine Restaurierung war dring-end erforderlich. Den Auftrag erhielt die Firma H. Wilbrand (Inhaber H. Coenen) in Übach-Palenberg (BRD). Mit der Restaurierung wurde Anfang 2001 begonnen und diese dauerte einige Wochen.

Seit September 2004 gehört die Pfarre Eynatten zum Pfarrverband Raeren, Eynatten und Hauset.